民国知识分子普遍崇尚科学，并有着夸大科学价值的“唯科学主义”倾向，但他们对科学的理解却是有差别的。这一点，在五四后期发生的“科玄论战”中表现得非常明显。其中陈独秀、吴稚晖等人是从唯物主义角度理解科学，而胡适、丁文江和任鸿隽等人则从经验主义角度去把握科学。唯物论科学观中又有机械唯物论和辩证唯物论的歧异，经验论科学观中则有实用主义与马赫主义的区分等。[8]这些区别并非无关紧要，它对中国的未来产生过深远的影响。
五四之后，中国的科学思潮大体沿着三条轨迹发展，一条是中国科学社所代表的路径：把理性主义贯穿到建构自然的科学知识系统之中，努力将西方近代科学本体移植到中国。此一路径得到了国民政府一定程度的支持，在自然科学的具体研究上，取得了较大成绩；另一条是共产党人和左翼知识分子所代表的路径：即崇信思想的科学或科学方法论，并加以传播和实践，它主要体现在社会科学领域，认为“对社会的研究只有建立在唯物史观的基础之上，才能真正成为科学，所以讲科学，首先要讲马克思主义的科学世界观、方法论和社会革命学说”[9]，从而为改造中国社会提供了强有力的理论指导；至于各种资产阶级社会科学学说的传播及其学科体系的建构，则属于第三条轨迹。三者之间难免有矛盾和冲突，但都高揭科学的大旗，呼吁中国的科学化建设，为反对封建蒙昧主义做出了贡献。