三十六个教区同时起义，范围波及大半个中国，太平道教徒焚烧地方官署，劫掠州郡，烽火连天，天下震动。这些州郡的刺史太守，多数是权贵子弟或买来的官，盘剥百姓有一套，听说暴动了，个个跑得比谁都快。黄巾军攻城略地，不到一个月的时间，已控制许多州郡，生擒安平王刘续、甘陵王刘忠。
政府军被打得晕头转向，丢盔弃甲。一方面是因为准备不足，匆匆上阵；另一方面与东汉的军事制度有直接的关系。
与西汉相比，东汉的军事制度存在明显的缺陷。
光武帝刘秀自开国以来，便大力裁撤地方武装力量，诏罢各郡、封国的都尉官，后来又诏罢轻车、骑士、材官、楼船士及军假吏。这两道诏令，令东汉一朝地方武装十分薄弱。东汉的武装力量大都集中在边疆地带以及京都一带，其余郡县、封国的兵力严重不足。相比之下，西汉时代的地方武装则十分强大，因此西汉两百多年历史，并没有出现大规模的国内叛乱。
一时间，全国暴动四起，到处都是头裹黄巾的起义军，连京师洛阳都岌岌可危。
一向自以为天下太平的汉灵帝不免心惊胆战，赶紧任命何进（何皇后的哥哥）为大将军，屯兵都亭，镇守京师。在战略要地函谷、太谷、广成、伊阙、旋门、孟津、小平津、轘辕等八大关口屯兵固守。